Mp4Box es una aplicación con la que puedes concatenar tus mp4, de forma rápida, sencilla, gratis y con buena calidad.
Descárgate el instalador en: http://gpac.wp.mines-telecom.fr/downloads/
Instálalo…
Luego en la consola, vete hasta la carpeta donde tienes los videos y usa el comando mp4box, por ejemplo así:
MP4Box -cat path/to/video1.mp4 -cat path/to/video2.mp4 -cat path/to/video3.mp4 -new path/to/output.mp4